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Perspectiva de la industria

análisis de ADN a nivel de un solo núcleo

Perspectiva de la industria

análisis de ADN a nivel de un solo núcleo

La plataforma de secuenciación unicelular Tapestri de Mission Bio ha permitido a un equipo de investigadores de la Universidad de Duke descubrir el mecanismo molecular que sustenta las malformaciones cavernosas cerebrales CCM de rápido crecimiento. Los hallazgos del equipo se publican en la revista Naturaleza . El estudio documenta cómo se aprovechó la plataforma para analizar tejido sólido por primera vez.

hablamos con
Yan Zhang, PhD , CEO de Mission Bio para obtener más información sobre el análisis de ADN de un solo núcleo utilizando la plataforma Tapestri.

Laura Lansdowne LL: ¿Qué beneficio tiene analizar el ADN a nivel de un solo núcleo en tejido sólido?

Yan Zhang YZ:
Este estudio utilizó tejido congelado instantáneamente sólido archivado de CCM humanos. Las células no se disociaron en una suspensión unicelular antes de la congelación, por lo que habría sido difícil aislar células individuales viables después de descongelar el tejido congelado. Por lo tanto, los investigadores optaron por aislarnúcleos de las células para poder analizar las mutaciones del ADN en cada núcleo. Este enfoque fue apropiado ya que los investigadores solo estaban interesados ​​en evaluar el patrón de co-mutación a nivel del ADN y no requerían células intactas.

Kate Robinson KR: ¿Cómo permite la plataforma Tapestri el análisis de ADN a nivel de un solo núcleo?

YZ:
Las estrategias estándar de secuenciación unicelular exigen suspensiones celulares que constan de miles de células individuales que sean viables e intactas. Sin embargo, esta demanda excluye una plétora de tipos de muestras clínicamente valiosos y ampliamente accesibles para que no se consideren, ya que a menudo no cumplen con esos requisitos.requisitos de material de entrada por ejemplo, muestras almacenadas como secciones de tejido congeladas. Por lo tanto, son esenciales los protocolos para aislar de manera eficiente los núcleos individuales de los tipos de muestras desafiantes, como las secciones de tejido congeladas, y los métodos para perfilarlos a nivel de núcleo a núcleo. Mission Bio ha desarrolladoun protocolo de extracción de núcleos para aislar núcleos de células o tejidos congelados. Tapestri también puede ser compatible con protocolos de extracción de núcleos únicos desarrollados por otros laboratorios de investigación, como fue el caso de Ren et al. Naturaleza estudio.



KR: ¿Puede ampliar su flujo de trabajo de microfluidos de dos pasos?

YZ:
Tapestri tiene una propiedad flujo de trabajo de microfluidos de dos pasos para analizar el ADN en células individuales. En el paso uno, las células individuales se encapsulan en gotas de aceite y se lisan para liberar ADN genómico. Luego, en el paso dos, los objetivos de ADN de cada célula se amplifican y se etiquetan con una célulaEste proceso maximiza la eficiencia de captura de ADN y minimiza la pérdida de alelos para que pueda visualizar mutaciones y subclones raros. Se utiliza un flujo de trabajo similar para múltiplesanálisis ómicos, donde el genotipo y el inmunofenotipo se miden a partir de células individuales.

KR: ¿En qué futuras vías de investigación prevé que se utilice la plataforma?

YZ:
La plataforma Tapestri se está utilizando actualmente en la investigación traslacional para investigar la evolución clonal y la heterogeneidad del cáncer a nivel unicelular. El sector farmacéutico también está utilizando la plataforma para identificar mejor la enfermedad residual mínima / medible y evaluar los mecanismos deresistencia a los medicamentos contra el cáncer. En los próximos años, imaginamos que las clínicas aprovechen Tapestri para evaluar muestras de pacientes para informar estrategias de tratamiento personalizadas.

como se ilustra en la Naturaleza estudio, Tapestri también se está utilizando para investigar los perfiles mutacionales de otras enfermedades clonales no cancerosas, como los MCP.

Otra vía para el uso de la Plataforma Tapestri es la caracterización de terapias celulares y génicas. Con el poder del análisis multimodal unicelular, Tapestri puede acelerar estas terapias a través del proceso de desarrollo y llevarlas a los pacientes más rápidamente.

LL: ¿Cómo se utilizó la plataforma Tapestri en los últimos años?
Naturaleza ¿estudio que investiga las malformaciones cavernosas cerebrales CCM?

YZ:
La secuenciación de un solo núcleo se llevó a cabo en la plataforma Tapestri para evaluar si las mutaciones asociadas con los CCM coexistían dentro de las mismas células o en células separadas. Concluyeron que algunas células contenían las tres mutaciones una pérdida de funciónmutación en ambos alelos de un gen CCM y una mutación de ganancia de función en PIK3CA. Este análisis de un solo núcleo contribuyó al conocimiento sobre la patogénesis de los CCM. Debido a que las mutaciones co-ocurren en las mismas células, los investigadores sospechan que sonsinergia para impulsar las malformaciones CCM - es decir, las tres mutaciones deben estar presentes en las mismas células endoteliales para que la enfermedad progrese.

Yan Zhang estaba hablando con Laura Elizabeth Lansdowne, editora gerente, y Kate Robinson, asistente editorial de Technology Networks.

Conozca a los autores
Laura Elizabeth Lansdowne
Editor gerente
Kate Robinson
Asistente editorial
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