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La base de datos ofrece acceso a 200 millones de secuencias inmunes de pacientes con COVID-19

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La base de datos ofrece acceso a 200 millones de secuencias inmunes de pacientes con COVID-19

Crédito: Fernando Zhiminaicela de Pixabay.
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En todo el mundo, muchos laboratorios están llevando a cabo investigaciones relacionadas con el virus SARS-CoV-2, ya sea para comprender la fisiopatología de COVID-19 o para desarrollar diagnósticos sólidos y terapias eficaces para la enfermedad. Como tal, la pandemiaha destacado la importancia fundamental del intercambio de datos dentro de la comunidad científica.

El consorcio iReceptor Plus
, un proyecto financiado por la Unión Europea UE y Canadá, ha reunido 200 millones de secuencias de receptores de células T y B de pacientes con COVID-19; es el repertorio más grande de su tipo. Los datos de secuenciación son de código abierto y están disponibles en líneaa través de puerta de enlace iReceptor .

En una entrevista exclusiva, Redes tecnológicas hablé con Felix Breden, gerente científico de iReceptor Plus, para obtener más información sobre Gateway y las diversas formas en que los datos de secuenciación podrían usarse para ayudar al diseño de vacunas y nuestra comprensión de la variabilidad clínica en pacientes con COVID-19.

Molly Campbell MC: ¿Puede hablarnos sobre el fundamento de la creación del consorcio iReceptor Plus? ¿Cuáles son los objetivos del consorcio y quiénes participan?

Felix Breden FB :
El consorcio iReceptor Plus se formó en respuesta a un programa de subvenciones colaborativas entre Canadá y la UE para aumentar el intercambio de datos en salud y genómica. El objetivo es continuar con el desarrollo de una pasarela científica iReceptor Gateway que se desarrolló en Canadá en Simon Fraser.Universidad a partir de 2013.

La UE y el gobierno canadiense han otorgado 8,4 millones de euros al consorcio internacional iReceptor Plus. La financiación proporcionada al proyecto de cuatro años incluye 7,85 millones de euros de la UE a través del Programa de Investigación e Innovación Horizonte 2020, y 800.000 dólares canadienses adicionales deel gobierno canadiense.

El objetivo es facilitar el intercambio de los enormes repertorios de anticuerpos / linfocitos B y receptores de linfocitos T producidos por el sistema inmunitario adaptativo que son fundamentales para todos los aspectos de la inmunoterapia moderna: desarrollo de vacunas, terapia de enfermedades autoinmunes e inmunoterapia contra el cáncer novedosa.

El sistema inmunológico adaptativo debe ser inmensamente diverso para detectar todos los patógenos que un individuo encontrará a lo largo de su vida, incluidos patógenos nuevos como el SARS-CoV-2. Estos inmensos conjuntos de datos exigen herramientas de análisis y bases de datos novedosas para seleccionar, analizar y compartir estosdatos.

El Consorcio incluye 19 instituciones participantes de nueve países, incluidos el mundo académico, biofarmacéutico, clínicas y hospitales.

MC: ¿Puede discutir cómo se obtuvieron los 200 millones de secuencias de receptores de células T y B? ¿Hubo algún desafío relacionado con la recopilación de estos datos?

FB:
En la actualidad, Gateway selecciona casi 200 millones de secuencias de receptores de células T y B de los estudios COVID-19. Uno de los avances más interesantes de estos estudios es que los investigadores se están acercando al Consorcio para compartir sus datos a través de Gateway; la comunidadrealmente ha respondido y está dispuesto a compartir sus datos incluso antes de que se acepten sus artículos. Esto demuestra un creciente compromiso de compartir datos para el bien común en un conjunto de datos comunes.

Laura Lansdowne LL: ¿Qué nos pueden decir los datos de la secuencia sobre el SARS-CoV-2 y la respuesta inmune?

FB:
Los datos pueden mostrar, por ejemplo, qué clones de anticuerpos / células B están muy expandidos en un paciente con COVID-19; los clones expandidos son presumiblemente los que mejor se unen al virus SARS-CoV-2. La secuencia de cualquiera deestos clones expandidos pueden servir como un posible candidato para una vacuna, donde la secuencia inmunogenética se modifica en un virus "muerto", con la esperanza de que la secuencia original induzca anticuerpos en una persona ingenua.

Además, los genes que producen anticuerpos y receptores de células T son muy variables dentro y entre individuos y poblaciones. Comprender qué genes se expresan para codificar anticuerpos que pueden neutralizar derrotar el virus puede determinar si son necesarias las vacunas específicas de la población, y nuevamentereforzar cuáles son buenos objetivos de la vacuna de entre las muchas respuestas al virus que los investigadores están observando.

MC: ¿Cómo se podrían usar estos datos para desarrollar diagnósticos, terapias y vacunas anti-COVID-19?

FB:
Es importante comprender que la función más importante de iReceptor Scientific Gateway es permitir comparaciones entre estudios. Un estudio puede mostrar que la mitad de los pacientes tenían un cierto tipo de clon expandido en casos graves de COVID-19, pero esto podría ser una muestrade solo 100 personas. Al permitir comparaciones entre muchos laboratorios e instituciones, es posible ver qué tan estadísticamente válidos son los patrones que se observan en un solo estudio, en comparación con los que se observan en múltiples estudios de múltiples investigadores. Es por eso que estamostrabajando tan duro para obtener tantos estudios como podamos curados de pacientes con COVID-19 a través del Gateway.

LL: ¿Cómo pueden los investigadores unirse al consorcio para poder compartir y acceder a los datos?


FB:
Gateway es de código abierto y los datos son de acceso público. Los investigadores pueden contactar [email protected] para obtener una cuenta para buscar y descargar datos, o para discutir con el equipo de iReceptor cómo hacer que los datos de sus pacientes COVID-19 estén disponibles a través del Gateway.

LL: El iReceptor Gateway va más allá de los datos de COVID-19, ¿podría mencionar los otros conjuntos de datos de enfermedades incluidos?

FB:
El objetivo del Consorcio es integrar estudios de todo tipo de enfermedades que involucran al sistema inmunológico adaptativo: enfermedades infecciosas VIH, COVID-19, influenza, enfermedades autoinmunes esclerosis múltiple, lupus y cáncer melanoma, ovario,La comprensión de las similitudes y diferencias entre las respuestas a estas diversas enfermedades puede conducir a nuevos diagnósticos y terapias.

Felix Breden estaba hablando con Molly Campbell y Laura Elizabeth Lansdowne, escritoras científicas para Technology Networks.

Conozca a los autores
Laura Elizabeth Lansdowne
Editor gerente
Molly Campbell
Escritor científico
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